Jan Šafra získal vysokoškolské vzdělání na Právnické fakultě Západočeské Univerzity v Plzni. V průběhu studia absolvoval zahraniční studijní pobyty v Itálii na Právnické fakultě a Fakultě politických věd Universita degli Studi di Padova, a postgraduální kurz evropského práva v Německu na Právnické fakultě Technische Universität Dresden.

Po ukončení studií působil jako právník na Odboru akviziční politiky Ministerstva obrany ČR a následně v mezinárodní advokátní a poradenské kanceláři, kde se zaměřoval především na poskytování právních služeb české, německé a italské klientele. Od roku 2008 provozuje vlastní advokátní kancelář. Jan Šafra hovoří kromě češtiny také italsky, německy, anglicky a částečně rusky a švédsky.

S CZECH TOP 100 úzce spolupracuje od roku 2009, působil rovněž v dozorčí radě CZECH TOP 100 a měl na starosti především právní agendu. Od roku 2022 je předsedou představensta a výkonným ředitelem CZECH TOP 100.